เหตุผลที่ญี่ปุ่นจะติดตั้งน้ำบริสุทธิ์พิเศษจำนวน 50,000 ตันที่ระดับความลึก 1,000 เมตรก็เพื่อให้ทำปฏิกิริยากับนิวตริโนได้ดีขึ้น และอีกประการหนึ่งก็เพื่อหลีกเลี่ยงการรับรังสีคอสมิกนอกเหนือจากนิวตริโน เพื่อให้แน่ใจว่าสามารถบันทึกรังสี Cherenkov  น้ำบริสุทธิ์ ที่ปล่อยออกมาจากนิวตริโนได้อย่างถูกต้องเพื่อบันทึกแสงที่แผ่ออกมาเหล่านี้ นักวิทยาศาสตร์ได้ติดตั้งหลอดโฟโตมัลติพลายเออร์ 11,200 หลอดที่ผนังด้านในของเครื่องตรวจจับ Super Kamioka ซึ่งมีหน้าที่ขยายสัญญาณแสงที่แผ่ออกมาให้ได้มากที่สุด (มากถึง 100 ล้านครั้ง) ในที่ทำงาน หลอดโฟโตมัลติพลายเออร์กว่า 10,000 ดวงเหล่านี้มีดวงตามากกว่า 10,000 ดวง และบันทึกสัญญาณรังสี Cherenkov ที่ปล่อยออกมาจากปฏิกิริยาของนิวตริโนในน้ำบริสุทธิ์พิเศษในความมืดได้อย่างเที่ยงตรง